La primera mitad de la década del 2000 vuelve a dejar pequeñas las instalaciones de la librería.
Justo después de los atentados de Atocha del 11-M se logra encontrar un local realmente grande en la otra punta del Barrio del Pilar (conocido como Ciudad de los Periodistas).
El acondicionamiento de ese nuevo espacio parece una obra casi imposible, puesto que se trata de hacer prácticamente desde cero un local de unos 360 metros cuadrados repartidos en dos plantas, mas del triple del local previo. Un local diáfano donde de nuevo se trata de innovar ofreciendo algo distinto a lo que las tiendas grandes de la época muestran:
lineales abarrotados de peluches, vitrinas amontonadas, y en general un montón de producto que asusta y avasalla al visitante.
Aquí se pone de manifiesto la estética de Akira Cómics a partir de entonces:
LUZ, LIMPIEZA, ESPACIOS DIÁFANOS, ORDEN y CLARIDAD.
El 11 de Septiembre de 2004, coincidiendo con el 11 cumpleaños de Akira Cómics, y tras casi seis meses de obras, cierra Akira Cómics en Finisterre, 15 a la vez que abre el nuevo emplazamiento en la Avenida de Betanzos, 74.
Un local diáfano, amplio, luminoso y sobre todo con unas posibilidades infinitas para acondicionarlo. La familia Marugán como en veces anteriores construye todo lo que lleva la librería en su interior, desde su suelo de tarima flotante hasta sus nuevos carteles de sección. Años de trabajo y perfeccionamiento hacen que el tercer local tenga un acabado casi perfecto, similar al de unos grandes almacenes donde el producto esté dispuesto por secciones y temas, separado y organizado para que cualquier cliente, nuevo o clásico, se sienta cómodo y no se pierda entre tanto artículo.